Rank Abundance 曲線

luoyuanquan — Mon, 19 Oct 2015 08:04:53 +0000

　　Rank-abundance曲線是分析多樣性的一種方式。構(gòu)建方法是統(tǒng)計單一樣品中，每一個OTU 所含的序列數(shù)，將OTUs 按豐度（所含有的序列條數(shù)）由大到小等級排序，再以O(shè)TU 等級為橫坐標(biāo)，以每個OTU 中所含的序列數(shù)（也可用OTU 中序列數(shù)的相對百分含量）為縱坐標(biāo)做圖。
　　Rank-abundance 曲線可用來解釋多樣性的兩個方面，即物種豐度和物種均勻度。在水平方向，物種的豐度由曲線的寬度來反映，物種的豐度越高，曲線在橫軸上的范圍越大；曲線的形狀（平滑程度）反映了樣品中物種的均度，曲線越平緩，物種分布越均勻。
　　軟件：使用97%相似度的OTU，利用R語言工具制作曲線圖。
參考文獻：
　　Scott T Bates, Jose C Clemente, et al. Global biogeography of highly diverse protistan communities in soil. The ISME Journal (2013) 7, 652–659; doi:10.1038/ismej.2012.147.
例圖：

　　注：橫坐標(biāo)：OTU 等級，“500”代表樣本中按照豐度排列第500 位的OTU；縱坐標(biāo)：該等級OTU 中序列數(shù)的相對百分含量，即屬于該OTU 的序列數(shù)除以總序列數(shù)，縱坐標(biāo)軸上數(shù)字，例如“100”代表相對豐度為100%，“10”代表相對豐度為10%，依次類推。

Rank Abundance 曲線，首發(fā)于微基生物。

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