国产一区二区三区神马视频 ,欧美日韩国产一区二区二区,精品国产一区二区三区aV性色 ,在线欧美日韩一区二区三区,久久亚洲国产精品成人av秋霞,99久久久国产精品免费蜜臀

微生物多樣性分析

luoyuanquan — Fri, 22 Jul 2016 08:09:16 +0000

微生物多樣性分析

　　好多客戶來咨詢時，常問一個問題是“微生物多樣性分析具體包括哪些內(nèi)容呀”。

今天小編簡單給大家介紹下我們家的微生物多樣性分析。

生物多樣性是生態(tài)學(xué)上的一個非常重要的概念，主要指生物（植物、動物、微生物）及其所組成系統(tǒng)的總體多樣性和變異性，主要包含三個層次，遺傳多樣性、物種多樣性和生態(tài)系統(tǒng)多樣性。

我們家做的“微生物多樣性分析”是屬于遺傳多樣性喲！主要是運用分子生物學(xué)技術(shù)、利用二代、三代高通量測序、PCR-DGGE、實時熒光定量PCR等平臺、結(jié)合生物信息分析手段，對樣本中微生物的遺傳信息進行檢測和分析。

我們家“微生物多樣性分析”主要包括以下5個方面：

1 ?Alpha多樣性分析

2 ?物種組成分析

3 ?Beta多樣性分析

4 ?進化關(guān)系分析

5 ?相關(guān)性分析

1? Alpha多樣性分析

主要分析每個樣本中微生物群落本身的多樣性，主要有群落豐富度指數(shù)（Chao指數(shù)和Ace指數(shù)）和多樣性指數(shù)（Shannon指數(shù)和Simpson指數(shù)）。

其中，Chao 指數(shù)和 Ace指數(shù)簡單指群落中物種的數(shù)量，而不考慮豐度情況；Simpson 指數(shù)反映的是優(yōu)勢種在群落中的地位和作用，它與其他多樣性指數(shù)呈負相關(guān)。

2 ?物種組成分析

主要是從分類水平上分析樣本中微生物群落的物種組成，即可以分析單個樣本，又可以比較多個樣本。分類水平主要由界、門、綱、目、科、屬、種這7個組成。目前基于靶基因的高通量測序能將微生物大部分鑒別到屬水平，較少部分鑒別到種水平喲。通常用樣本群落組成分析柱狀圖、群落組成分析餅圖、Heatmap圖、Venn圖等來展現(xiàn)微生物群落的物種組成。

3 ?Beta多樣性分析

Beta多樣性主要是利用各樣本的物種組成或物種間的進化關(guān)系及豐度信息來計算樣品間距離，尋找樣品間具有顯著性差異的微生物群落。目前常用的是PCA分析、PCoA分析、NMDS分析、多樣品相似度樹狀圖等。

其實LDA ?EffectSize（LEfSe）分析也可以尋找兩組及兩組以上的微生物群落間的差異，并可找出每組中起重要作用的微生物。

4 進化關(guān)系分析：

主要分析不同樣本中微生物的進化關(guān)系，常用系統(tǒng)發(fā)生進化樹、分類學(xué)分析樹等來展示。

5 相關(guān)性分析：

不僅可以分析微生物間相互作用關(guān)系，也可以分析不同環(huán)境因子與樣本中微生物的關(guān)系。分別用微生物相關(guān)性分析圖、RDA/CCA來展示。

微生物多樣性分析，首發(fā)于微基生物。

生信分析之PCA

luoyuanquan — Fri, 15 Jul 2016 06:42:22 +0000

? ? ? ? PCA (Principal Component Analysis)，即主成分分析，是一種對數(shù)據(jù)進行簡化分析的技術(shù)，這種方法可以有效的找出數(shù)據(jù)中最“主要”的元素和結(jié)構(gòu)，去除噪音和冗余，將原有的復(fù)雜數(shù)據(jù)降維，揭示隱藏在復(fù)雜數(shù)據(jù)背后的簡單結(jié)構(gòu)。

? ? ? ? 比較抽象？那咱們舉個簡單的例子。

? ? ? ? 小A和小B是一對雙胞胎，他們在外貌、身高、體型等方面差異都很小。但是小A的額頭上有顆痣，小B沒有。此時，分辨小A和小B只需要根據(jù)額頭上的痣即可，無需關(guān)注兩個人在外貌、身高、體型等方面的微小差別。這顆“痣”可以作為區(qū)分小A和小B的主成分。

? ? ? ? 但是數(shù)據(jù)分析時，數(shù)據(jù)之間的區(qū)分點并不像“痣”那么明確，并且計算機也不會像人似的那么智能，它不會區(qū)分哪些特征可以作為區(qū)分數(shù)據(jù)的主要因素。這時候就需要給計算機一種區(qū)分方法——PCA主成分分析。

PCA的原理

? ? ? ? 假設(shè)我們有N個P維的數(shù)據(jù)要區(qū)分， X1，X2，……，Xn。如果P比較大，那么處理的數(shù)據(jù)量較大，我們需要將P維的數(shù)據(jù)降至d維（d

? ? ? ? （不知道你們懂了么，反正數(shù)學(xué)小白的小編……?O(∩_∩)O）

? ? ? ? 忽略頭疼的原理，下面小編將從PCA分析的用途、PCA算法、PCA圖解讀、PCA分析軟件等方面來進行詳細解釋。

PCA的用途

? ? ? ? PCA分析它可以反映以下問題喲！

（1）揭示造成樣本差異性的主成分及其貢獻率。如在下圖中，造成樣本差異性最大的成分為PC1，貢獻率為97.85%。

（2）揭示不同處理下的樣品的情況。樣品組成越相似，樣本在PCA中的距離越近。

（3）樣本間的差異性。兩樣本在橫、縱坐標軸上的距離表示樣本受主成分(PC1和PC2)影響下的相似性距離。

PCA的算法

? ? ? ? 對于微生物多樣性分析，PCA分析是基于每個樣品的OUT（97%相似性）豐度作圖。

? ? ? ? 通過分析不同樣品OTU（97%相似性）組成可以反映樣品間的差異和距離，PCA 運用方差分解，將多組數(shù)據(jù)的差異反映在二維坐標圖上，坐標軸取能夠最大反映方差值的兩個特征值。

PCA的解讀

? ? ? ? 以下圖為例對PCA圖進行解讀喲！

圖中的點：不同顏色表示不同的分組。紅色表示A組，藍色表示B組。

坐標軸：能夠最大反映樣本差異性的兩個成分（PC1和PC2）。

坐標軸上的刻度：為相對距離，無實際意義。

百分數(shù)：表示成分的貢獻率。如PC1成分的貢獻率為97.85%，PC2成分的貢獻率為1%。

? ? ? ? 對于目前比較流行的3D-PCA分析圖，它的圖解也是相同的。只不過二維PCA只展現(xiàn)貢獻率前二名的成分，3D-PCA可以更直觀的展現(xiàn)貢獻率前三位的成分。

分析軟件

? ? ? ? PCA分析可以用mothur，PC-ORD或是CANOCO做出來喲。

生信分析之PCA，首發(fā)于微基生物。

微基生物應(yīng)邀參加第三屆中國整合腸病學(xué)學(xué)術(shù)會議

luoyuanquan — Thu, 05 May 2016 05:06:57 +0000

? ? ? ? 應(yīng)“第三屆中國整合腸病學(xué)學(xué)術(shù)會議”的邀請，微基生物將于2016年5月8日在南京參加會議，技術(shù)總監(jiān)丁博士將在會議中作主題為“腸道菌群研究方法及其臨床分析策略”的報告。

　　此次會議由中國醫(yī)師協(xié)會整合醫(yī)學(xué)分會主辦，由南京醫(yī)科大學(xué)第二附屬醫(yī)院、第四軍醫(yī)大學(xué)西京醫(yī)院承辦。此次參會的人員有許多國內(nèi)外重量級專家喲！中國工程院院士樊代明、第四軍醫(yī)大學(xué)第一附屬醫(yī)院消化內(nèi)科主任吳開春、南京醫(yī)科大學(xué)整合腸病學(xué)重點實驗室主任張發(fā)明、美國奧爾巴尼醫(yī)學(xué)中心Xinjun Cindy Zhu、紐約大學(xué)醫(yī)學(xué)中心Lea Ann Chen等。專家們將在會議上對整合醫(yī)學(xué)、FMT（Fecal microbiota transplantation，糞菌移植）、腸病綜合診療等方面做精彩報告。此次會議將分為1個主會場和2個分會場。

會議安排如下：

會議時間：2016 年 5 月 8 日上午 8:30- 下午 16:30（5 月 7 日下午報道）

會議地點：南京市鼓樓區(qū)淮濱路 1 號，世茂濱江希爾頓酒店

微基生物應(yīng)邀參加第三屆中國整合腸病學(xué)學(xué)術(shù)會議，首發(fā)于微基生物。

微基生物要去河南開講座啦！

luoyuanquan — Wed, 27 Apr 2016 07:11:28 +0000

　　應(yīng)2016年河南省微生物學(xué)會微生態(tài)學(xué)專業(yè)學(xué)術(shù)會議的邀請，微基生物的技術(shù)主管侯美玲將于2016年4月29日赴河南鄭州開展講座。

此次講座的題目是“基于二代高通量測序的宏基因組學(xué)及其在微生態(tài)領(lǐng)域中的應(yīng)用”。在本次交流會中侯主管將介紹目前宏基因組學(xué)研究的兩種常見策略：（1）Whole Genome Sequencing（WGS），針對全基因組測序分析，（2）針對16S rRNA基因或其他靶基因的宏基因組研究模式，重點討論基于靶基因的宏基因組分析模式，包括樣本采集、分子實驗、生物信息分析及相應(yīng)的分析流程，并介紹其在微生態(tài)領(lǐng)域中的應(yīng)用情況和需要注意的各類問題。

信息量是不是滿滿的？！

更驚喜的是在河南的講座有2場！

　　　4月29日上午10:00，鄭州大學(xué)新校區(qū)生命科學(xué)學(xué)院，生物館第一報告廳；

　　　4月29日下午17:20，河南工業(yè)大學(xué)學(xué)術(shù)報告廳。

微基生物要去河南開講座啦！，首發(fā)于微基生物。

2016微基生物春季校園宣講開始啦！

luoyuanquan — Thu, 21 Apr 2016 03:07:29 +0000

　　2016年微基生物春季校園宣講正式開啟！

微基生物聯(lián)合鉑尚生物、捷瑞生物共同開展“生物行業(yè)四月聯(lián)合宣講會”。

微基生物此次校園宣講的主題是“高通量測序、宏基因組學(xué)技術(shù)在微生物生態(tài)學(xué)中的應(yīng)用”。在宣講會中，微基生物技術(shù)總監(jiān)丁博士將會詳細介紹二代高通量測序技術(shù)在植物、動物、土壤、人體等微生物生態(tài)學(xué)中的應(yīng)用，并且會介紹微基生物提供的 “實驗規(guī)劃->樣本采集->微生物多樣性檢測->生信統(tǒng)計學(xué)分析->論文協(xié)助”整體研究服務(wù)喲！

宣講會行程安排如下：

秀一張此次宣講會的海報！

具體詳情請咨詢微基生物400-660-9270。

2016微基生物春季校園宣講開始啦！，首發(fā)于微基生物。