宏基因組

luoyuanquan — Fri, 02 Jul 2021 06:53:30 +0000

宏基因組是指特定環(huán)境中全部微生物遺傳物質(zhì)的總和。宏基因組測序以特定環(huán)境中的整個微生物群落作為研究的對象，不需對微生物進行分離培養(yǎng)，而是提取環(huán)境微生物總DNA進行研究。其擺脫了傳統(tǒng)研究中微生物分離培養(yǎng)的技術限制，在基因組水平解讀微生物群體的多樣性和豐度，探索微生物與環(huán)境及宿主之間的關系。
目前，第二代高通量測序技術在宏基因組的研究上已被廣泛應用。第二代高通量測序平臺具有通量高、準確性高、速度快、信息全等特點，加快了宏基因組測序在鑒定低豐度的微生物群落，挖掘更多基因資源方面的應用。

技術路線：

部分結(jié)果展示：

微生物的多樣性與相對豐度

eggNOG功能注釋

KEGG代謝通路

文獻解讀

標題：Distinct composition and metabolic functions of human gut microbiota are associated with cachexia in lung cancer patients

肺癌患者腸道菌群的獨特組成及代謝功能與惡病質(zhì)有關

ISME Journal (IF:9.18)

主要結(jié)果：

在31名肺癌患者中，非惡病質(zhì)與惡病質(zhì)組（n=12）患者在腸道菌群組成、宏基因組功能通路和相關血漿代謝物方面存在顯著差異。

惡病質(zhì)患者血漿中支鏈氨基酸、甲基組胺和維生素存在顯著消耗，相關腸道菌群功能通路的也存在損耗，惡病質(zhì)患者腸道菌群的脂多糖生物合成能力顯著升高。癌癥惡病質(zhì)引起的腸道菌群功能變化。非惡病質(zhì)患者中支鏈氨基酸和3-氧代草酸的富集分別與腸道普氏桿菌和加氏乳桿菌正相關。

原文鏈接： https://www.nature.com/articles/s41396-021-00998-8

參考文獻：Ni, Y., Lohinai, Z., Heshiki, Y. et al. Distinct composition and metabolic functions of human gut microbiota are associated with cachexia in lung cancer patients. ISME J (2021). https://doi.org/10.1038/s41396-021-00998-8

宏基因組，首發(fā)于微基生物。

微生物多樣性/宏基因組

luoyuanquan — Wed, 29 Jul 2015 08:04:04 +0000

? ? ? ?宏基因組學（metagenomics）是一種以環(huán)境樣品中的微生物群體所有基因組作為研究對象，利用基因組學的研究策略研究環(huán)境樣品中所包含的全部微生物的遺傳組成及其群落功能的新的研究微生物多樣性的方法。

? ? ? ?宏基因組學以微生物的多樣性、種群的結(jié)構(gòu)、進化關系、功能活性、相互間的協(xié)作關系以及與環(huán)境之間的關系為研究目的，其研究方法有功能基因篩選及測序分析。運用的技術手段包括環(huán)境基因組整體測序及特征基因的擴增子序列。

優(yōu)點：

? ? ? ? ? ? 宏基因組不依賴于微生物的分離培養(yǎng)，克服了傳統(tǒng)的純培養(yǎng)方法的技術限制，為研究和開發(fā)利用占微生物種類99%以上的未可培養(yǎng)的微生物提供了一種新的途徑和良好的策略；

? ? ? ? ? 可以得到環(huán)境中豐度較低的，甚至是痕量微生物的信息，為研究低豐度微生物提供了途徑；

? ? ? ? ?宏基因組學引入了宏觀生態(tài)的研究理念，對環(huán)境中微生物菌群的多樣性、功能活性等宏觀特征進行研究，可以更準確地反應出微生物生存的真實狀態(tài)。

流程：

微生物多樣性/宏基因組，首發(fā)于微基生物。