宏基因組

    宏基因組是指特定環(huán)境中全部微生物遺傳物質(zhì)的總和。宏基因組測(cè)序以特定環(huán)境中的整個(gè)微生物群落作為研究的對(duì)象，不需對(duì)微生物進(jìn)行分離培養(yǎng)，而是提取環(huán)境微生物總DNA進(jìn)行研究。其擺脫了傳統(tǒng)研究中微生物分離培養(yǎng)的技術(shù)限制，在基因組水平解讀微生物群體的多樣性和豐度，探索微生物與環(huán)境及宿主之間的關(guān)系。
    目前，第二代高通量測(cè)序技術(shù)在宏基因組的研究上已被廣泛應(yīng)用。第二代高通量測(cè)序平臺(tái)具有通量高、準(zhǔn)確性高、速度快、信息全等特點(diǎn)，加快了宏基因組測(cè)序在鑒定低豐度的微生物群落，挖掘更多基因資源方面的應(yīng)用。

技術(shù)路線：

 

部分結(jié)果展示：

微生物的多樣性與相對(duì)豐度

 

eggNOG功能注釋

KEGG代謝通路

文獻(xiàn)解讀

標(biāo)題：Distinct composition and metabolic functions of human gut microbiota are associated with cachexia in lung cancer patients

肺癌患者腸道菌群的獨(dú)特組成及代謝功能與惡病質(zhì)有關(guān)

ISME Journal (IF:9.18)

主要結(jié)果：

在31名肺癌患者中，非惡病質(zhì)與惡病質(zhì)組（n=12）患者在腸道菌群組成、宏基因組功能通路和相關(guān)血漿代謝物方面存在顯著差異。

惡病質(zhì)患者血漿中支鏈氨基酸、甲基組胺和維生素存在顯著消耗，相關(guān)腸道菌群功能通路的也存在損耗，惡病質(zhì)患者腸道菌群的脂多糖生物合成能力顯著升高。癌癥惡病質(zhì)引起的腸道菌群功能變化。非惡病質(zhì)患者中支鏈氨基酸和3-氧代草酸的富集分別與腸道普氏桿菌和加氏乳桿菌正相關(guān)。

原文鏈接： https://www.nature.com/articles/s41396-021-00998-8

參考文獻(xiàn)：Ni, Y., Lohinai, Z., Heshiki, Y. et al. Distinct composition and metabolic functions of human gut microbiota are associated with cachexia in lung cancer patients. ISME J (2021). https://doi.org/10.1038/s41396-021-00998-8