全基因組測(cè)序

技術(shù)介紹

細(xì)菌全基因組檢測(cè)，是指通過基因組測(cè)序和組裝獲得細(xì)菌全基因組序列，并對(duì)其進(jìn)行結(jié)構(gòu)和功能研究的方法。全基因組測(cè)序包含微生物的全部遺傳信息，相比16S除了分類信息外還有更多的基因信息及特定環(huán)境下富集的功能基因。

檢測(cè)項(xiàng)目

掃描圖：細(xì)菌掃描圖（也稱為草圖）采用小片段建庫(kù)，深度測(cè)序和初步的基因組組裝策略，能夠得到待測(cè)樣本的基因組信息，性價(jià)比高，能滿足細(xì)菌基因組研究基本需求。(點(diǎn)擊查看詳情)

完成圖：細(xì)菌完成圖綜合利用二代三代測(cè)序技術(shù)，根據(jù)菌株具體信息進(jìn)行基因組測(cè)序組裝，最終可以得到無(wú)gap的完整基因組序列。(點(diǎn)擊查看詳情)

差異菌株分析：通過CARD，VFDB數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)分析，多位點(diǎn)序列分型MLST和核心基因組多位點(diǎn)序列分型cgMLST， 單核苷酸位點(diǎn)SNP分析，泛基因分析，系統(tǒng)進(jìn)化分析等將菌株間的差異進(jìn)行展示。(點(diǎn)擊查看詳情)

檢測(cè)平臺(tái)

· 二代高通量平臺(tái)：Illumina、BGI、 Ion PGM；

· 三代高通量平臺(tái)：PacBio；Nanopore

結(jié)果展示

生信分析流程圖

KEGG通路數(shù)據(jù)庫(kù)中MAPK Signaling Pathway例圖

基因組圈圖

文獻(xiàn)解讀

標(biāo)題：Genome sequencing and analysis of Alcaligenes faecalis subsp. phenolicus MB207

糞產(chǎn)堿菌 phenolicus MB207 菌株全基因組測(cè)序和分析

Sci Rep (IF:4.122) 

主要結(jié)果：

菌株基因組圈圖

菌株中抗藥性相關(guān)的基因熱圖

基于核基因,泛基因產(chǎn)堿桿菌屬進(jìn)化關(guān)系

原文鏈接:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5827749/

參考文獻(xiàn):Basharat Z, Yasmin A, He T, Tong Y. Genome sequencing and analysis of Alcaligenes faecalis subsp. phenolicus MB207. Sci Rep. 2018;8(1):3616. Published 2018 Feb 26. doi:10.1038/s41598-018-21919-4