真核生物 18S rRNA

　　與細菌多樣性分析類似，在真核微生物中也有三類核糖體RNA（rRNA），包括5.8S rRNA、18S rRNA和28S rRNA。
　　18S rRNA基因是編碼真核生物核糖體小亞基的DNA序列，其中既有保守區(qū)，也有可變區(qū)（V1-V9，沒有V6區(qū)）。保守區(qū)域反映了生物物種間的親緣關系，而可變區(qū)則能體現物種間的差異，適用于作種級及以上的分類標準。其中，V4區(qū)是文獻中常用的檢測片段。 真核微生物18S rRNA基因組成及引物選擇 微基生物進行人體健康相關的研究與應用：

微基生物提供與人體健康相關的生信/統(tǒng)計服務： 更多微生態(tài)方向研究和生物信息方面服務，請詳詢：400-660-9270 真核微生物多樣性分析流程圖如下：  

• 數據庫：Silva，RDP

微基生物擁有Silva、RDP數據庫，其中Silva數據庫是目前使用最廣泛的數據庫，目前涵蓋非重復18S rRNA基因序列及分類信息51553條。

• 高通量測序

微基生物是國內首家采用Illumina-MiSeq 2×300 bp平臺進行微生物生態(tài)研究，其讀長可達到550 bp，適合對真核生物18S rRNA基因的V4區(qū)進行測序分析。

• 生信 / 統(tǒng)計分析

  結果展示： 案例分析： 標題：北冰洋中心區(qū)新開水域微微型浮游植物優(yōu)勢地位分析 分析物種：微微型浮游植物 高通量測序平臺：Roche 454 測序區(qū)域：18S V4區(qū) 主要實驗結果： 微微型浮游植物為該海域的優(yōu)勢群落，可占葉綠素生物量的44%-80%。青綠藻、硅藻、藍細菌、金藻及甲藻為鑒定出的主要光合浮游生物綱，分別占到微微型浮游植物的0–88%, 2–80%, 0–20%, 4–14% 及2–11%。其中真核生物的優(yōu)勢屬（種）為塔胞藻Pyramimonas (Pyramimonas gelidicola), 微胞藻Micromonas (Micromonas pusilla) 及棕囊藻Phaeocystis。值得注意的是，高通量測序分析的結果表明，塔胞藻要比泛北冰洋優(yōu)勢種微胞藻的相對豐度高3倍；而Pyramimonas gelidicola也為第一優(yōu)勢種，要比一直認為的北冰洋夏季第一優(yōu)勢種Micromonas pusilla高1.5倍。典型相關性分析（CCA）結果表明：緯度和鹽度是影響微微型浮游植物群落組成及分布的主要因素。 圖1 微微型浮游植物的群落組成及環(huán)境因子分布的CCA展示圖 圖2 微微型浮游植物的群落組成（基于HPLC 色素分析及CHEMTAX方法）
原文鏈接：http://link.springer.com/article/10.1007/s00300-015-1662-7 參考文獻：
　　Zhang, F., J. He, L. Lin and H. Jin (2015). “Dominance of picophytoplankton in the newly open surface water of the central Arctic Ocean.” Polar Biology 38(7): 1081-1089.