RDA/CCA分析

　　RDA 或者CCA是基于對(duì)應(yīng)分析發(fā)展而來(lái)的一種排序方法，將對(duì)應(yīng)分析與多元回歸分析相結(jié)合，每一步計(jì)算均與環(huán)境因子進(jìn)行回歸，又稱多元直接梯度分析。此分析是主要用來(lái)反映菌群與環(huán)境因子之間關(guān)系。RDA是基于線性模型，CCA 是基于單峰模型。分析可以檢測(cè)環(huán)境因子、樣品、菌群三者之間的關(guān)系或者兩兩之間的關(guān)系。
　　RDA 或CCA 模型的選擇原則：先用species-sample 數(shù)據(jù)（97%相似性的樣品OTU 表）做DCA 分析，看分析結(jié)果中Lengths of gradient 的第一軸的大小，如果大于4.0，就應(yīng)該選CCA，如果3.0-4.0 之間，選RDA 和CCA均可，如果小于3.0，RDA 的結(jié)果要好于CCA。
軟件：PC-ORD或是CANOCO軟件作圖。
參考文獻(xiàn)：
　　Sheik CS, Mitchell TW, Rizvi FZ, Rehman Y, Faisal M, et al. (2012) Exposure of Soil Microbial
Communities to Chromium and Arsenic Alters Their Diversity and Structure. PLoS ONE 7(6): e40059.doi:10.1371/journal.pone.0040059.
例圖：

基于OTU進(jìn)行RDA /CCA分析

基于物種信息進(jìn)行RDA /CCA分析

　　注：圖中數(shù)字表示樣品名，不同顏色或形狀表示不同環(huán)境或條件下的樣本組；箭頭表示環(huán)境因子；圖中藍(lán)色上三角表示不同屬的細(xì)菌；物種與環(huán)境因子之間的夾角代表物種與環(huán)境因子間的正、負(fù)相關(guān)關(guān)系（銳角：正相關(guān)；鈍角：負(fù)相關(guān)；直角：無(wú)相關(guān)性）；由不同的樣本向各環(huán)境因子做垂線，投影點(diǎn)越相近說(shuō)明樣本間該環(huán)境因子屬性值越相似，即環(huán)境因子對(duì)樣品的影響程度相當(dāng)。