擴(kuò)增子定量檢測(cè)

技術(shù)介紹

擴(kuò)增子測(cè)序是指利用二代高通量測(cè)序、三代高通量測(cè)序等平臺(tái)對(duì)土壤、水體、糞便、腸道內(nèi)容物、唾液、皮膚等樣本中的16S rRNA基因/18S rRNA基因/ITS/功能基因等進(jìn)行檢測(cè)，檢測(cè)樣本中微生物的種類信息和相對(duì)豐度。相對(duì)豐度反映的樣本間每種微生物的相對(duì)含量，因此不能體現(xiàn)樣本中物種的真實(shí)數(shù)量和組間樣本的真實(shí)差異。qPCR絕對(duì)定量分析則是計(jì)算樣本每種微生物的拷貝數(shù)，從而實(shí)現(xiàn)絕對(duì)定量。將高通量測(cè)序（相對(duì)豐度）與qPCR絕對(duì)定量（物種總數(shù)）結(jié)合分析，增加樣品間的可比性，揭示生物量水平的種群結(jié)構(gòu)和功能改變，能反映樣本中物種的真實(shí)數(shù)量和組間樣本的真實(shí)差異，是進(jìn)行微生態(tài)研究的首選。

檢測(cè)項(xiàng)目：

· 16S rRNA基因擴(kuò)增子定量檢測(cè): 對(duì)樣本中細(xì)菌或古菌的多樣性和絕對(duì)含量進(jìn)行分析。

· ITS擴(kuò)增子定量檢測(cè): 對(duì)環(huán)境樣本中真菌多樣性和絕對(duì)含量進(jìn)行分析。

· 功能基因擴(kuò)增子定量檢測(cè):根據(jù)客戶的需求，對(duì)碳循環(huán)、氮循環(huán)等過(guò)程中起重要功能作用的微生物進(jìn)行高通量測(cè)序和qPCR絕對(duì)定量檢測(cè)，得到物種多樣性和絕對(duì)含量分析結(jié)果。

檢測(cè)平臺(tái)：

· 二代高通量平臺(tái)：Illumina、BGI、 Ion PGM；

· 絕對(duì)定量：Real-Time PCR

文獻(xiàn)解讀：

標(biāo)題：Quantitative microbiome profiling links gut community variation to microbial load

微生物絕對(duì)定量分析使將腸道菌群變化與微生物載量關(guān)聯(lián)

Nature (IF:40.137)

對(duì)29例克羅恩病患者和健康人的樣本進(jìn)行高通量和絕對(duì)定量數(shù)據(jù)分析。同時(shí)進(jìn)行流式細(xì)胞儀分析檢測(cè)，克羅恩病患者糞便樣品中的細(xì)胞數(shù)比健康對(duì)照組低3倍。在使用絕對(duì)定量數(shù)據(jù)（QMP）時(shí)，普雷沃菌屬Prevotella才在克羅恩病患者中發(fā)現(xiàn)顯著降低。與流式細(xì)胞儀分析檢測(cè)結(jié)果一致。

克羅恩病的定量微生物組改變

Vandeputte D, Kathagen G, D’hoe K, Vieira-Silva S, Valles-Colomer M, Sabino J, Wang J, Tito RY, De Commer L, Darzi Y, Vermeire S, Falony G, Raes J. Quantitative microbiome profiling links gut community variation to microbial load. Nature. 2017 Nov 23;551(7681):507-511. doi: 10.1038/nature24460. Epub 2017 Nov 15. PMID: 29143816.