腸道微生物和癌癥看似毫不相關(guān)，可是你能想象的到腸道內(nèi)的微生物能夠影響癌癥的治療效果嗎？最近法國(guó)里爾大學(xué)的研究人員在學(xué)術(shù)頂級(jí)雜志《Science》上發(fā)表了篇文章，他們將一種特殊的細(xì)菌導(dǎo)入到患黑色素瘤小鼠的消化道中，提高了小鼠免疫系統(tǒng)攻擊腫瘤細(xì)胞的能力。

　　Ipilimumab、nivolumab和pembrolizumab等藥物通常用于黑色素瘤、肺癌等癌癥的治療，但是一些服用這種藥物的病人會(huì)出現(xiàn)腸道炎癥。腸道內(nèi)的細(xì)菌會(huì)與這種藥物發(fā)生相互作用嗎？Marie Vetizou和同事對(duì)此展開(kāi)相關(guān)研究。

　　他們選取了兩種患有黑色素瘤的小鼠——正常小鼠和無(wú)菌小鼠，分別給它們注射Ipilimumab，結(jié)果發(fā)現(xiàn)，Ipilimumab可以治療正常小鼠，但是不能治療無(wú)菌小鼠?？茖W(xué)家們還發(fā)現(xiàn)當(dāng)正常小鼠使用抗生素后，Ipilimumab抗腫瘤的功效降低。之后研究人員對(duì)小鼠糞便樣本中的核糖體RNA進(jìn)行測(cè)定分析，發(fā)現(xiàn)Ipilimumab會(huì)引起腸道中擬桿菌和伯克霍爾德氏菌的減少。當(dāng)研究人員給無(wú)菌小鼠和使用抗生素的小鼠補(bǔ)充這些微生物后，Ipilimumab抗腫瘤的功效恢復(fù)。

　　為了在臨床實(shí)踐中測(cè)試這些結(jié)果，研究人員采集了25名患黑色素瘤病人的糞便樣本，測(cè)定了其中的擬桿菌。隨后研究小組將糞便樣本移植到無(wú)菌小鼠的體內(nèi)，并在2周后對(duì)其進(jìn)行Ipilimumab的治療，結(jié)果發(fā)現(xiàn)接受了更多擬桿菌移植的小鼠，對(duì)黑色素瘤的治療產(chǎn)生了更好的效果。

　　腸道細(xì)菌到底如何影響免疫系統(tǒng)和癌癥治療，現(xiàn)在還不明確。但就目前的研究來(lái)看，腸道微生物確實(shí)在癌癥治療中扮演著非常重要的角色。

腸道微生物能影響癌癥的治療？_腸道微生物_微基生物，首發(fā)于微基生物。

目前微基生物已與中科院、北京大學(xué)、清華大學(xué)、長(zhǎng)征醫(yī)院、紅房子醫(yī)院等多所高校科研院所和三甲醫(yī)院合作，已檢測(cè)過(guò)人、小鼠、大鼠、猴子等多種動(dòng)物的糞便及腸道內(nèi)容物。微基生物可采用二代高通量測(cè)序、三代高通量測(cè)序、PCR-DGGE等方法，對(duì)樣本中微生物的DNA進(jìn)行測(cè)定，并通過(guò)生信統(tǒng)計(jì)分析，對(duì)大量數(shù)據(jù)進(jìn)行處理，揭示腸道中微生物的種類(lèi)以及它們之間的相對(duì)豐度和進(jìn)化關(guān)系；還可以通過(guò)實(shí)時(shí)熒光定量PCR方法，定量的研究腸道菌群，探討微生物多樣性，研究腸道微生物與環(huán)境間的相關(guān)關(guān)系；還可以通過(guò)厭氧培養(yǎng)，獲得腸道微生物中的菌種，從菌株水平上研究腸道微生物的功能和作用。

目前腸道微生物的主要研究方向：
（1）尋找疾病組和健康組間腸道菌群的差異：
分別采集健康人群和疾病人群的糞便樣本，比較健康組和疾病組之間腸道菌群的差異，尋找與疾病相關(guān)的marker，這是目前最典型的研究方法；
（2）研究藥物或飲食干預(yù)群體的腸道菌群：
分別采集藥物或飲食干預(yù)前、后的群體的糞便樣本，比較個(gè)體在不同干預(yù)階段的腸道菌群的差異；
（3）同一群體、不同生長(zhǎng)發(fā)育時(shí)期的腸道菌群：
如分別采集嬰兒出生后0個(gè)月、4個(gè)月、12個(gè)月等時(shí)間的糞便樣本，對(duì)嬰幼兒的腸道菌群進(jìn)行研究；
（4）研究某一疾病發(fā)生發(fā)展進(jìn)程中的群體的腸道菌群：
如分別選擇健康人、結(jié)直腸腺瘤患者（大部分的結(jié)直腸癌由腺瘤演變而來(lái)）、結(jié)直腸癌患者群體，研究與結(jié)直腸癌疾病進(jìn)程相關(guān)的marker；
（5）研究同一群體多個(gè)身體部位的微生物：
如分別選取同一人群的糞便、唾液、牙菌斑等樣本進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析。

微基生物可以做什么：
（1）研究樣本中微生物的種類(lèi)及其對(duì)應(yīng)的豐度；
（2）對(duì)樣本中某一種微生物進(jìn)行定量；
（3）通過(guò)厭氧培養(yǎng)獲得樣本中微生物的菌株。

微基生物提供腸道微生物多樣性分析的整體科研服務(wù)：實(shí)驗(yàn)規(guī)劃->樣本采集保存->分子實(shí)驗(yàn)->生信統(tǒng)計(jì)分析->論文協(xié)助

已檢測(cè)對(duì)象：
人、小鼠、大鼠、猴子、雞、羊、魚(yú)、馬、驢、熊貓、穿山甲等動(dòng)物的糞便或腸道內(nèi)容物；

檢測(cè)類(lèi)型：
細(xì)菌、真菌、放線(xiàn)菌等；

檢測(cè)方法：
二代高通量測(cè)序、三代高通量測(cè)序、PCR-DGGE、實(shí)時(shí)熒光定量PCR、厭氧培養(yǎng)；

檢測(cè)平臺(tái)：
（1）微基生物擁有Illumina MiSeq、Ion PGM高通量測(cè)序分析，PacBio第三代高通量測(cè)序分析，PCR-DGGE變性梯度凝膠分析，實(shí)時(shí)熒光定量PCR（Real-time qPCR），克隆文庫(kù)等檢測(cè)平臺(tái)。
（2）具有厭氧培養(yǎng)系統(tǒng)，可以分離糞便樣本中的微生物。

樣本采集耗材：
為客戶(hù)提供樣本采集保存耗材，包括糞便采集盒、常溫保存液、取樣勺和保存管等。

樣本采集方法：
（1）人糞便：采集新鮮的、中后段、內(nèi)部的糞便樣本，每個(gè)樣本需1g，采好后立刻凍存于-80℃冰箱，保存期間切記反復(fù)凍融。
（2）小鼠糞便：建議采用拎尾法或者代謝籠采集新鮮糞便，每個(gè)樣本需1g，采好后立刻凍存于-80℃冰箱，切記反復(fù)凍融。
（3）大鼠糞便：可采用代謝籠采集新鮮糞便樣本，每個(gè)樣本需1g，采好后立刻凍存于-80℃冰箱，切記反復(fù)凍融。
對(duì)于其他樣本的采集，可咨詢(xún)微基生物技術(shù)支持，400-660-9270.
若無(wú)法實(shí)現(xiàn)低溫保存，可采用微基生物研發(fā)的常溫采集保存套裝，可在常溫下保存14天。

送樣要求：
（1）糞便樣本或腸道內(nèi)容物樣本：每樣本需1g，新鮮取樣，凍存于-80℃，保存期間切忌反復(fù)凍融，送樣時(shí)請(qǐng)使用冰袋或干冰運(yùn)輸；
（2）DNA樣本：DNA總量≥300ng，濃度≥10ng/μL，OD260/280=1.8-2.0，并確保DNA無(wú)降解，樣本保存期間切忌反復(fù)凍融，送樣時(shí)請(qǐng)使用冰袋或干冰運(yùn)輸。

技術(shù)路線(xiàn)：

高通量分析流程

PCR-DGGE分析流程

生物信息與統(tǒng)計(jì)學(xué)服務(wù)：

案例分析：

標(biāo)題：巴布亞新幾內(nèi)亞人腸道微生物：組成，多樣性及生態(tài)形成過(guò)程 （Cell Reports, IF: 8.358）

研究領(lǐng)域：腸道微生物

分析物種：細(xì)菌

高通量測(cè)序平臺(tái)：Illumina MiSeq

測(cè)序區(qū)域：16S rRNA gene V5-V6 region

主要結(jié)果：

(1）PNG和US人群腸道微生物多樣性分析

（2）細(xì)菌多樣性圖譜

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（4）

原文鏈接：http://www.cell.com/cell-reports/abstract/S2211-1247(15)00340-Xv

參考文獻(xiàn)：

Martinez, I., J. C. Stegen, M. X. Maldonado-Gomez, A. M. Eren, P. M. Siba, A. R. Greenhill and J. Walter (2015). “The gut microbiota of rural papua new guineans: composition, diversity patterns, and ecological processes.” Cell Rep 11(4): 527-538.

微基生物進(jìn)行人體健康相關(guān)的研究與應(yīng)用：

腸道微生態(tài)，首發(fā)于微基生物。

　　微基生物提供消化道微生物多樣性分析的整體科研服務(wù)：實(shí)驗(yàn)規(guī)劃->樣本采集保存->分子實(shí)驗(yàn)->生信統(tǒng)計(jì)分析->論文協(xié)助

　　微基生物采用高通量測(cè)序、PCR-DGGE、實(shí)時(shí)熒光定量PCR等方法，對(duì)樣本中的DNA進(jìn)行序列測(cè)定，并通過(guò)生信統(tǒng)計(jì)分析，對(duì)大量數(shù)據(jù)進(jìn)行處理，揭示腸道中微生物的種類(lèi)以及它們之間的相對(duì)豐度和進(jìn)化關(guān)系，探討微生物多樣性，研究消化道微生物與環(huán)境間的相關(guān)關(guān)系。

技術(shù)路線(xiàn)：

高通量分析流程

PCR-DGGE分析流程

檢測(cè)平臺(tái)：

　　微基生物擁有Illumina MiSeq、Ion PGM、Roche 454高通量測(cè)序分析，PacBio第三代高通量測(cè)序分析，PCR-DGGE變性梯度凝膠分析，實(shí)時(shí)熒光定量PCR（Real-time qPCR），克隆文庫(kù)等檢測(cè)平臺(tái)。

樣品采集：

　　微基生物為客戶(hù)提供樣品采集的配套工具，如采集盒、保存液、取樣勺和保存管等。

送樣要求：

樣品原樣

　　(1)樣品類(lèi)型：消化道內(nèi)容物，新鮮取樣，凍存于-80℃

　　(2)樣品需求：≥2g

　　(3)樣品保存期間切忌反復(fù)凍融，送樣時(shí)請(qǐng)使用冰袋或干冰運(yùn)輸

DNA類(lèi)型

　　(1) 樣品類(lèi)型： DNA

　　(2) 樣品需求量：≥300ng

　　(3) 樣品濃度： ≥10ng/μL

　　(4) 樣品純度：OD260/280=1.8-2.0并確保DNA無(wú)降解

　　(5) 樣品保存期間切忌反復(fù)凍融，送樣時(shí)請(qǐng)使用冰袋或干冰運(yùn)輸

　　(6) 對(duì)于本種類(lèi)型的樣品，我們?cè)跈z測(cè)完樣品的質(zhì)量后，進(jìn)行PCR擴(kuò)增等后續(xù)試驗(yàn)

生物信息與統(tǒng)計(jì)學(xué)服務(wù)：

　　生信分析項(xiàng)目

更多微生態(tài)方向研究和生物信息方面服務(wù)，請(qǐng)?jiān)斣?xún)：400-660-9270

消化道微生物，首發(fā)于微基生物。