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luoyuanquan — Mon, 04 Nov 2019 09:11:41 +0000

“小白龍”智能連續(xù)分液儀系列：ATOM F/ ATOM N型桌面單道自動分液儀

Atom自動分液儀是什么？

Atom是一臺小型全自動、高精度，單道蠕動泵分液系統(tǒng)，系統(tǒng)包含一個專利的高精度蠕動噴射泵和全自動的平面移動、定位平臺。用戶可通過Wifi無線連接，直接選擇分裝的耗材（96孔板或1.5ml螺口管等等），以及每個單獨的孔位中準確的分裝體積。也可將常用程序存儲在SD卡中，直接在Atom儀器上快捷調(diào)取、重復(fù)執(zhí)行。Atom蠕動泵分液儀另一特點是在很長一段時間內(nèi)，它的一致性特別好，在不同孔之間重復(fù)噴射容積幾乎完全一樣，這點相比用移液器分裝，孔間誤差大大縮小。

Atom自動分液儀有什么優(yōu)點？

1. 靈活性、孔間偏差完勝移液器，移液誤差可＜1%

2. Excel導(dǎo)入，方便靈活

3. 比排槍更靈活，每孔體積可調(diào)

4. 高速、全自動，1.5分鐘內(nèi)可完成96孔PCR板分液工作

Atom自動分液儀的使用方法

電腦無線連接分液儀，直接輸入分液數(shù)據(jù)，或?qū)隕xcel表格數(shù)據(jù)，10秒即可完成分液測定
可將常用分液數(shù)據(jù)存儲在機器內(nèi)，直接調(diào)用預(yù)設(shè)程序，完成分液。

(電腦無線控制，直接導(dǎo)入Excel分液數(shù)據(jù)，也可讀取常用程序，直接分液)

不同規(guī)格管路，滿足不同分液體積需求

Atom家族有兩種型號，N型最小準確分液體積為5微升，適合小體積準確分液的需求；F型最小準確分液體積為10微升，適合較大體積，大樣本量的液體分裝。

儀器型號		Atom F型	Atom N型
最小準確分液體積		10ul 配AC11011管路盒50ul 配AC11013管路盒100ul 配AC11012管路盒	5ul 配AC11001管路盒5ul 配AC11002管路盒
分液相對誤差	5ul液體	—	＜10%
	10ul液體	＜12%	＜5%
	20ul液體	＜6%	＜2.5%
	50ul液體	＜2.4%	＜1.0%
	100ul液體	＜1.2%	＜0.5%
	200ul液體	＜0.6%	＜0.25%
	1,000ul液體	＜0.12%	＜0.05%
分液速度		240ul/秒配AC11011管路盒1200ul/秒配AC11013管路盒2400ul/秒配AC11012管路盒	120ul/秒配AC11001管路盒120ul/秒配AC11002管路盒
兼容分液耗材		各型96孔PCR板、48孔板、24孔板、15ml/50ml離心管、2ml/1.5ml螺口管、8聯(lián)管、12聯(lián)管
死體積		200ul 配AC11011管路盒1ml 配AC11013管路盒2ml 配AC11012管路盒	100ul 配AC11001管路盒20ul 配AC11002管路盒

匹配實驗室各類耗材，滿足各類分液需求

各型96孔PCR板、48孔板、24孔板、15ml/50ml離心管、2ml/1.5ml螺口管、8聯(lián)管、12聯(lián)管等，也可根據(jù)客戶耗材定制適配器及分液程序

多臺設(shè)備間可方便、快捷地切換控制

如果一個實驗室需要多臺Atom同時工作，只需切換連接每臺Atom的Wifi連接，便可方便的控制不同的Atom設(shè)備，當(dāng)然，每臺Atom也可以獨立讀取SD卡中存儲的常用程序，運行或重復(fù)運行不同的分液程序。
用戶也可以通過專用路由器（貨號AB12105）同時無線連接12臺機器，用一臺電腦編程即可隨意切換控制12臺Atom設(shè)備。

Atom自動分液儀的應(yīng)用場景：

1.生產(chǎn)級別的小容量分裝：

對于試劑公司，100ul至100ml的小容量分子生物學(xué)，免疫學(xué)，緩沖溶液分裝是標準的生產(chǎn)工藝。由于沒有便宜、快捷的自動化設(shè)備，溶液分裝一直是個辛苦、乏味，容易出錯的工作。

有些生產(chǎn)者會使用連續(xù)分液器勉強完成工作。這種實驗室級別連續(xù)分液器需要手持，如果連續(xù)分液1000支甚至更多，對于生產(chǎn)者來說非常煩重的工作，消耗很多人力且效率低下。連續(xù)分液器耗材第二次使用精確度大大降低，不建議重復(fù)使用，使用成本高。

Atom F的出現(xiàn)解決了生產(chǎn)者長久以來的困擾。Atom F可以在1分鐘內(nèi)對24個2.0ml的凍存管子完成連續(xù)分液，推薦使用的適配器有24孔1.5-2.0ml Epp管和凍存管適配器專用架子（貨號AB12105）和24孔1.5-2.0ml Epp管和凍存管適配器管和凍存管適配器（貨號AB12106）。一天一臺設(shè)備能完成10000個這類管子的分液。

Atom F還有其他適配器，15ml 離心管管架（貨號AB12001），50ml 離心管管架（貨號AB12002），30ml Nalgene試劑瓶管架（貨號AB12006），60ml Nalgene試劑瓶管架（貨號AB12007）。配合大容量F管路系統(tǒng)（貨號AC11012），一臺Atom F一天能完成2000個50ml試劑瓶分裝。而且精度可以達到正負10ul。

2.普通實驗室液體培養(yǎng)基分裝：

幾乎每個實驗室都會分裝細胞培養(yǎng)基，大家都想擁有一臺 Thermo的Multidrop。不過15萬的設(shè)備價格和昂貴的耗材讓用戶望而卻步。Atom F以不到Multidrop 幾分之一的的價格，和更加多元化的應(yīng)用成為每個實驗室用戶的新選擇。配合LB玻璃管架（貨號AB12102），Atom F可以給96，24，6孔細胞培養(yǎng)板加樣。配合SBS細胞板架（貨號AB12009），Atom F還可以在1分種內(nèi)加樣24個細菌培養(yǎng)管。

，首發(fā)于微基生物。

厭氧培養(yǎng)

luoyuanquan — Mon, 08 May 2017 09:20:13 +0000

許多樣本中的微生物大多為厭氧微生物。以人體腸道中的菌群為例，許多研究表明，腸道菌群中約99%以上的微生物為厭氧微生物。如果想得到腸道中的微生物，拿到具體的菌株，需進行厭氧培養(yǎng)。 技術(shù)流程： 微基生物在2016年初嘗試建立腸道菌群的厭氧培養(yǎng)分離服務(wù)，目前已經(jīng)建成成熟的分離培養(yǎng)體系，已開發(fā)39種培養(yǎng)基、78種培養(yǎng)條件，可以分離培養(yǎng)出40%—80%左右的腸道菌群，目前在初步構(gòu)建腸道菌群菌種庫。 技術(shù)平臺： 厭氧培養(yǎng)系統(tǒng)
二代高通量測序平臺

厭氧培養(yǎng)，首發(fā)于微基生物。

靶向分離培養(yǎng)

luoyuanquan — Mon, 08 May 2017 09:13:54 +0000

通過高通量、PCR-DGGE方法僅僅可以檢測到樣本中微生物的種類和相對豐度，但無法拿到具體的菌株。通過厭氧或需要條件下的靶向分離培養(yǎng)技術(shù)，可以獲得特定的菌株。
首先通過二代（ Illumina）、三代高通量測序（PacBio）技術(shù)檢測樣本中微生物的種類及其相對豐度，確定樣本中是否有目標微生物，在確定目標微生物的相對豐度后，通過厭氧或需氧培養(yǎng)系統(tǒng)、不同配方的培養(yǎng)基進行培養(yǎng)、分離、純化等操作，找到目標菌株。對純化好的目標菌株進行高通量測序鑒定，從基因水平上確定目標菌株。 具體流程： 技術(shù)平臺： 厭氧培養(yǎng)系統(tǒng)
二代高通量測序平臺

靶向分離培養(yǎng)，首發(fā)于微基生物。

高通量測序平臺相關(guān)問題

luoyuanquan — Fri, 10 Jul 2015 06:54:05 +0000

1、什么是OTU 、PCA、RDA？

答：OTU（Operational Taxonomic Units）是在系統(tǒng)發(fā)生學(xué)研究或群體遺傳學(xué)研究中，為了便于進行分析，人為給某一個分類單元（品系，種，屬，分組等）設(shè)置的同一標志。
PCA即主成分分析。將多個變量通過線性變換以選出較少個數(shù)重要變量的一種多元統(tǒng)計分析方法。
RDA即冗余分析，對比主成分分析可以發(fā)現(xiàn)，其實冗余分析就是約束化的主成分分析。

2、什么是Reads、Run、Barcode？
答：Reads: 高通量測序平臺產(chǎn)生的序列標簽就稱為reads。
Run：指高通量測序平臺單次上機測序反應(yīng)。
Barcode：與Index同義，多指在Roche GS FLX 454測序平臺的16S PCR產(chǎn)物的測序過程中接頭序列所包含的的用來區(qū)分不同樣本的序列。

3、什么是高通量測序（NGS）？
答：高通量測序技術(shù)是對傳統(tǒng)Sanger測序革命性的改變, 一次對幾十萬到幾百萬條核酸分子進行序列測定, 因此在有些文獻中稱其為下一代測序技術(shù)(next generation sequencing，NGS )足見其劃時代的改變, 同時高通量測序使得對一個物種的轉(zhuǎn)錄組和基因組進行細致全貌的分析成為可能, 所以又被稱為深度測序(Deep sequencing)。

4、高通量測序平臺和DGGE分析環(huán)境微生物多樣性，它們之間的區(qū)別？
答：一般認為土壤、海洋、腸道等生態(tài)系統(tǒng)中的微生物數(shù)量繁多、種類多樣。傳統(tǒng)的培養(yǎng)方法只限于對環(huán)境樣品中極少部分（0.1%-1%）可培養(yǎng)的微生物類群的研究。 DGGE技術(shù)操作復(fù)雜、成本高、痕量菌發(fā)現(xiàn)困難，在其實驗結(jié)果中往往只含有數(shù)十條條帶，只能反映出樣品中的優(yōu)勢種群，也無法得到細菌種類的絕對數(shù)量。而高通量測序技術(shù)能同時對樣品中的優(yōu)勢種群及微量的劣勢種群進行檢測，獲得樣品中的微生物群落組成，并將其含量進行數(shù)字化，而且每個樣品的測序量達到普通測序的幾百倍，而單條序列的測序費用遠低于普通測序。

5、Misq平臺和羅氏454平臺之間的區(qū)別在于？
答：羅氏454高通量測序技術(shù)能同時對樣品中的優(yōu)勢物種、稀有物種及一些未知的物種進行檢測，獲得樣品中的微生物群落組成，并將其含量進行數(shù)字化。測序費用比較高，后期數(shù)據(jù)分析比較麻煩。MiSeq高通量測序平臺集中了Roche 454和Illumina HiSeq 2500的優(yōu)點，不僅可實現(xiàn)對多樣品的多個可變區(qū)同時測序，而且在測序速度和測序通量上都有進一步提升，而且測序費用相對于羅氏454便宜很多，后繼分析沒有那么麻煩。

6、做高通量平臺分析整個實驗周期是多少天？
答：根據(jù)不同客戶的要求，實驗周期也不盡相同。我們在接到客戶提供的樣品后，即刻進行實驗，至全部實驗及數(shù)據(jù)分析結(jié)束，一般控制在40個工作日內(nèi)完成。

7、需要多少測序量？
答：由于不同環(huán)境樣品的物種成分、豐度都各不相同，所需的測序量也不一樣。我們會根據(jù)合作伙伴樣品的具體情況及研究目的，進行測序深度數(shù)據(jù)庫檢索，給合作伙伴提供合理建議。

8、測序條數(shù)？
答：我們保證單個樣本測序條數(shù)高于1.8萬條/樣本，樣本平均測序條數(shù)高于3萬條/樣本。同時可以按照客戶需求增加測序條數(shù)。

9、實驗結(jié)果含那些數(shù)據(jù)？
答：我公司提供以下數(shù)據(jù)分析：
a. 匯總統(tǒng)計全部的測序結(jié)果。
b. 將全部序列進行比對，進行聚類/OTU劃分，列出每個OTU的代表序列。
c. 種屬鑒定，與SILVA數(shù)據(jù)庫進行比對，判斷每類OTU詳細的分類信息。
d. 熱圖分析
e. PCA分析
f. 根據(jù)測序序列與標準菌株序列，建立系統(tǒng)發(fā)育樹分析。
h. VENN 圖
i. RDA 分析

高通量測序平臺相關(guān)問題，首發(fā)于微基生物。

活性淤泥

luoyuanquan — Fri, 10 Jul 2015 03:20:34 +0000

土壤微生物土壤微生物土壤微生物土壤微生物土壤微生物土壤微生物土壤微生物土壤微生物土壤微生物土壤微生物土壤微生物土壤微生物土壤微生物土壤微生物土壤微生物土壤微生物

活性淤泥，首發(fā)于微基生物。