国产特黄精品久久久久久久久久 ,麻豆成人久久精品二区三区红,免费观看成人午夜激情视频,久久久一本精品久久精品六六,日本亚洲一区二区精品久久,国产成人精品视频A片免费网站 http://www.jungeng.cn 您自己的微生態(tài)研究團(tuán)隊(duì)|專注微生態(tài)研究與應(yīng)用 Tue, 31 Mar 2026 06:24:06 +0000 zh-CN hourly 1 https://wordpress.org/?v=4.2.29 擴(kuò)增子測序 http://www.jungeng.cn/gene-level/target-gene http://www.jungeng.cn/gene-level/target-gene#comments Fri, 02 Jul 2021 06:55:03 +0000 http://www.jungeng.cn/?p=3784 擴(kuò)增子測序是指利用PCR-DGGE、二代高通量測序、三代高通量測序等平臺對土壤、水體、糞便、腸道內(nèi)容物、唾液、皮膚等樣本中的16S rRNA基因/18S rRNA基因/ITS/功能基因等進(jìn)行檢測，檢測樣本中微生物的種類和相對豐度。

擴(kuò)增子測序，首發(fā)于微基生物。

]]> 技術(shù)介紹：

擴(kuò)增子測序是指利用二代高通量測序、三代高通量測序等平臺對土壤、水體、糞便、腸道內(nèi)容物、唾液、皮膚等樣本中的16S rRNA基因/18S rRNA基因/ITS/功能基因等進(jìn)行檢測，檢測樣本中微生物的種類和相對豐度。

檢測項(xiàng)目：

  • 16S rRNA基因測序: 16S rRNA基因?yàn)榫幋a原核生物核糖體小亞基rRNA的DNA序列，主要進(jìn)行細(xì)菌或古菌的多樣性分析。
  • 18S rRNA基因測序: 18S rDNA為編碼真核生物核糖體小亞基rRNA的DNA序列，反映樣品中真核生物之間的種類差異。
  • ITS測序: 該類測序主要對環(huán)境微生物中的真菌多樣性進(jìn)行分析。
  • 功能基因測序:根據(jù)客戶的需求，對碳循環(huán)、氮循環(huán)等過程中起重要作用的功能基因進(jìn)行測序。

檢測平臺：

  • 二代高通量平臺：Illumina、Ion PGM；
  • 三代高通量平臺：PacBio；
  • 絕對定量：Real-Time PCR

檢測結(jié)果展示：

beta   2

截止到2017年年初微基生物已完成千余項(xiàng)微生物多樣性分析項(xiàng)目，分析樣本數(shù)萬例。 研究對象涉及腸道、皮膚、生殖道、牙菌斑、粘膜、痰液、土壤、水體、發(fā)酵物、糞便等各類樣本。

擴(kuò)增子測序，首發(fā)于微基生物。

]]> http://www.jungeng.cn/gene-level/target-gene/feed 0 16s rRNA基因高通量測序的關(guān)鍵點(diǎn)-測序區(qū)域的選擇 http://www.jungeng.cn/tinygene-news/20160108 http://www.jungeng.cn/tinygene-news/20160108#comments Fri, 08 Jan 2016 08:57:24 +0000 http://www.jungeng.cn/?p=3379 對16S rRNA基因進(jìn)行高通量測序時(shí)，往往會遇到測序區(qū)域選擇的問題。16S rRNA基因包括9個(gè)高變區(qū)和9個(gè)保守區(qū)，選擇哪個(gè)區(qū)域呢？在本次的視頻中，跟大家探討一下測序區(qū)域選擇的問題。

16s rRNA基因高通量測序的關(guān)鍵點(diǎn)-測序區(qū)域的選擇，首發(fā)于微基生物。

]]> 　　對16S rRNA基因進(jìn)行高通量測序時(shí)，往往會遇到測序區(qū)域選擇的問題。16S rRNA基因包括9個(gè)高變區(qū)和9個(gè)保守區(qū)，選擇哪個(gè)區(qū)域呢？在本次的視頻中，跟大家探討一下測序區(qū)域選擇的問題。

16S rRNA基因高通量測序的關(guān)鍵點(diǎn)-測序區(qū)域的選擇

　　如果您對微生態(tài)研究方法有比較感興趣的話題，歡迎聯(lián)系我們，對于反饋較多的問題，我們將優(yōu)先推出相關(guān)視頻。您可以關(guān)注我們的微信號，給我們發(fā)微信或電子郵件：
support@tinygene.com
期待您的來電：400-660-9270

16s rRNA基因高通量測序的關(guān)鍵點(diǎn)-測序區(qū)域的選擇，首發(fā)于微基生物。

]]> http://www.jungeng.cn/tinygene-news/20160108/feed 0 細(xì)菌或原核生物16S rRNA http://www.jungeng.cn/microbial-diversity-metagenomics/bacterial-diversity-16s http://www.jungeng.cn/microbial-diversity-metagenomics/bacterial-diversity-16s#comments Mon, 20 Jul 2015 05:37:35 +0000 http://www.jungeng.cn?p=1448 細(xì)菌的核糖體RNA（16S rRNA）普遍存在于原核細(xì)胞中，其含量較高、拷貝數(shù)較多，模板便于獲取，功能同源性高，遺傳信息量適中，適于作為細(xì)菌多樣性分析的標(biāo)準(zhǔn)。微基生物根據(jù)客戶需求，針對細(xì)菌16S rRNA基因的不同V區(qū)設(shè)計(jì)PCR引物，針對不同樣本開展個(gè)性化分析。

細(xì)菌或原核生物16S rRNA，首發(fā)于微基生物。

]]> 細(xì)菌核糖體RNA（rRNA）有三種類型：5S rRNA（120bp）、16S rRNA（約1540bp）和23S rRNA（約2900bp）。5S rRNA基因序列較短，包含的遺傳信息較少，不適于細(xì)菌種類的分析鑒定；23S rRNA基因的序列太長，且其堿基的突變率較高，不適于鑒定親緣關(guān)系較遠(yuǎn)的細(xì)菌種類；16S rRNA普遍存在于原核細(xì)胞中，且含量較高、拷貝數(shù)較多（占細(xì)菌RNA總量的80%以上），便于獲取模板，功能同源性高，遺傳信息量適中，適于作為細(xì)菌多樣性分析的標(biāo)準(zhǔn)。 16S rRNA編碼基因序列共有10個(gè)保守區(qū)和9個(gè)高可變區(qū)。其中，文獻(xiàn)中常用的區(qū)域是V1-V2，V3-V4，V4-V5等區(qū)域。 16S primers

細(xì)菌16S rRNA基因序列組成及引物選擇

微基生物進(jìn)行人體健康相關(guān)的研究與應(yīng)用：

  • 細(xì)菌16S rRNA
  • 真核18S rRNA
  • 古細(xì)菌16S
  • 真菌ITS
  • 功能基因
微基生物提供與人體健康相關(guān)的生信/統(tǒng)計(jì)服務(wù)：
物種組成圖 （樣品群落結(jié)構(gòu)分析柱狀圖、多樣品對比樹圖、樣品群落結(jié)構(gòu)分析柱狀圖） 微生物多樣性分析/宏基因組 LEfSe差異分析 PCA差異分析 RDA環(huán)境因子分析等
更多微生態(tài)方向研究和生物信息方面服務(wù)，請?jiān)斣儯?em>400-660-9270 細(xì)菌多樣性分析的流程圖如下：
High throughput sequencing flow chart
高通量測序分析流程
  • 數(shù)據(jù)庫：Silva，GreenGene，RDP

收集目前世界上最全面的三大微生物rRNA基因信息數(shù)據(jù)庫。

目前市面上常用的用于研究環(huán)境微生物的高通量測序平臺有Illumina，BGI，PacBio和Thermo Ion。針對于細(xì)菌的16S rRNA基因序列分析，Illumina 測序平臺憑借其測序讀長長、測序周期短、通量大等特點(diǎn)，成為使用最為普遍的測序平臺。 微基生物是國內(nèi)首家采用Illumina MiSeq 2×300 bp平臺進(jìn)行微生物生態(tài)研究，其最大讀長可達(dá)到550 bp，適合對V3、V4、V5區(qū)及V3-V4、V4-V5區(qū)進(jìn)行測序分析。

Bioinfor-statistic-analysis-1
生信/統(tǒng)計(jì)分析流程

案例分析

標(biāo)題：由長期的土壤移植引起的緯度和氣候變化明顯改變了土壤微生物的變化率

16s 01 研究領(lǐng)域：土壤微生物 分析物種：細(xì)菌 取樣方法：從中科院封丘站取1.4*1.2*1.0體積的土壤，分別向北移植到黑龍江海倫站，向南移植到江西鷹潭站。每組設(shè)3個(gè)重復(fù)，于2006-2011年每年的8-9月取20 cm的表層土，密封在聚乙烯包裝袋中，于-80?C保存。 高通量測序平臺：Illumina MiSeq 2×150 測序區(qū)域：16S rRNA gene V4區(qū) 樣本數(shù)及分組：分3組，3個(gè)重復(fù)，共63個(gè)樣本。 研究背景： 生物群體對由某些人為因素造成的潛在威脅（如氣候改變）的響應(yīng)是目前生態(tài)學(xué)研究的一個(gè)重要挑戰(zhàn)。鑒于微生物在生物地球化學(xué)循環(huán)中的重要作用，它們對氣候改變的響應(yīng)有可能導(dǎo)致生態(tài)結(jié)構(gòu)的改變。之前已有研究指出，溫度是影響土壤微生物組成和生態(tài)功能（土壤的呼吸作用、有機(jī)物的含量、固氮水平）的重要因素。而不同地域之間的土壤移植為研究微生物群落對氣候變化的響應(yīng)提供了新的研究方法和思路。 [/tabs] 主要結(jié)果： （1）微生物的演替 隨著時(shí)間的推移，向北、向南移植的土壤中，微生物的群落組成差異越來越大，微生物多樣性逐漸增加。

16s 02

（2）由土壤移植引起的土壤微生物的變化

微生物隨時(shí)間衰減的斜率可以用來衡量微生物群落的相似性。本研究中，在各個(gè)樣本的微生物群落中都存在顯著的的時(shí)間衰減關(guān)系。向北、向南移植的土壤中，微生物隨時(shí)間衰減的斜率均比原位土壤的斜率大，尤其是在向南移植的土壤中。

16s 03

隨著溫度的升高/降低，微生物的變化率也相應(yīng)地增加。隨著土壤向南移植，氣候變暖，微生物群落的波動性增大，微生物群落的變化增加。向南移植對土壤微生物群落的變化具有出更好的效果。有趣的是，研究還發(fā)現(xiàn)細(xì)菌群落（門水平）的改變與分類學(xué)的分度有關(guān)。其中變形菌門、擬桿菌門和疣微菌門與門的豐度呈負(fù)相關(guān)，而酸桿菌門、放線菌門、后壁菌門和浮霉菌門與門的豐度呈正相關(guān)。

16s 04

（3）細(xì)菌群落及系統(tǒng)進(jìn)化樹分析
　　在為期六年的試驗(yàn)中，三個(gè)樣本共檢測出78個(gè)OTUs，其OTU的數(shù)量非常少，分屬于9個(gè)門。用MEGA 5作系統(tǒng)進(jìn)化樹，如下圖所示。

16s 05

其中，酸桿菌門中的Gp4和Gp6、節(jié)細(xì)菌屬、硝化螺菌屬、鞘氨醇單胞菌、Fervidicoccus、Sphingosinicella、Steroidobacter和Terrimonas是主要菌群。

16s 06

（4）微生物演替與環(huán)境因子的關(guān)系
　　微生物的演替與環(huán)境因子之間的關(guān)系用CCA分析如下。結(jié)果表明，向北移植的土壤中，微生物群落的多樣性與土壤的物理化學(xué)因子有關(guān)；而向南移植的土壤中，微生物群落的多樣性受溫度和降水的影響較大。 16s 07 本研究采用illumina MiSeq測序平臺，對經(jīng)過移植的土壤微生物為研究對象，擴(kuò)增了細(xì)菌16S rRNA基因的V4區(qū)域，從而得到土壤中細(xì)菌種群分布的相關(guān)信息，對其中的微生物種群變化進(jìn)行了調(diào)查研究。
　　此實(shí)驗(yàn)采用illumina MiSeq 2*150雙端測序，每個(gè)樣品可得到948,765條序列，其中有效序列為10,947條。研究發(fā)現(xiàn)，與原位土壤相比，向北移植（低溫）的土壤中，細(xì)菌的豐度增加，演替速率升高；向南移植（高溫）的土壤中，細(xì)菌的豐度降低，而演替速率達(dá)到最高，即穩(wěn)定性不好。推斷這是由于高溫環(huán)境容易引起高的代謝率和更加激烈的生存競爭造成的。 原文鏈接：http://www.nature.com/ismej/journal/vaop/ncurrent/full/ismej201578a.html 參考文獻(xiàn)： Liang, Y., Y. Jiang, F. Wang, C. Wen, Y. Deng, K. Xue, Y. Qin, Y. Yang, L. Wu, J. Zhou and B. Sun (2015). “Long-term soil transplant simulating climate change with latitude significantly alters microbial temporal turnover.” ISME J.

細(xì)菌或原核生物16S rRNA，首發(fā)于微基生物。

]]> http://www.jungeng.cn/microbial-diversity-metagenomics/bacterial-diversity-16s/feed 0 古細(xì)菌多樣性分析16S rRNA http://www.jungeng.cn/microbial-diversity-metagenomics/archaebacteria http://www.jungeng.cn/microbial-diversity-metagenomics/archaebacteria#comments Sat, 18 Jul 2015 05:43:40 +0000 http://www.jungeng.cn?p=1450 古細(xì)菌多生活在各種極端的生態(tài)環(huán)境中，它們代表了生命的極限，確定了生物圈的范圍。古細(xì)菌分為泉古菌、廣古菌、初古菌和納古菌。具有代表性的古細(xì)菌有極端嗜熱菌、極端噬鹽菌、極端嗜酸菌、產(chǎn)甲烷古菌、嗜熱菌、噬鹽菌等。

古細(xì)菌多樣性分析16S rRNA，首發(fā)于微基生物。

]]> 古細(xì)菌（archaebacteria）又叫古生菌、古菌，是一類很特殊的細(xì)菌，同時(shí)具有原核生物和真核生物的某些特征。古細(xì)菌多生活在各種極端的生態(tài)環(huán)境中，它們代表了生命的極限，確定了生物圈的范圍。古細(xì)菌和真細(xì)菌、真核生物一起，構(gòu)成了生物的三域系統(tǒng)。古細(xì)菌分為泉古菌、廣古菌、初古菌和納古菌。具有代表性的古細(xì)菌有極端嗜熱菌、極端噬鹽菌、極端嗜酸菌、產(chǎn)甲烷古菌、嗜熱菌、噬鹽菌等。 微基生物根據(jù)文獻(xiàn)中常用的古菌引物，在Silva數(shù)據(jù)庫中搜索，對古細(xì)菌測序引物進(jìn)行了分析比較，結(jié)果如下圖所示。在所有搜索結(jié)果中，引物對519F/915R和344F/915R對于古細(xì)菌的特異性較好。其中，引物519F/915R適合Illumina MiSeq 2×300 bp的測序平臺，而引物344F/915R則更適合于Roche 454測序平臺。

01

古細(xì)菌不同引物對搜索結(jié)果

微基生物進(jìn)行人體健康相關(guān)的研究與應(yīng)用：

  • 細(xì)菌16S rRNA
  • 真核18S rRNA
  • 古細(xì)菌16S
  • 真菌ITS
  • 功能基因
微基生物提供與人體健康相關(guān)的生信/統(tǒng)計(jì)服務(wù)：
物種組成圖 （樣品群落結(jié)構(gòu)分析柱狀圖、多樣品對比樹圖、樣品群落結(jié)構(gòu)分析柱狀圖） 微生物多樣性分析/宏基因組 LEfSe差異分析 PCA差異分析 RDA環(huán)境因子分析等
更多微生態(tài)方向研究和生物信息方面服務(wù)，請?jiān)斣儯?em>400-660-9270 古細(xì)菌多樣性分析的流程圖如下： HTS

High throughput sequencing flow chart

  • 數(shù)據(jù)庫：Silva，GreenGene，RDP

微基生物擁有Silva，GreenGene，RDP三大數(shù)據(jù)庫。其中Silva數(shù)據(jù)庫涵蓋了古細(xì)菌16S rRNA基因序列及其對應(yīng)分類信息18797條。

目前市面上常用的用于研究環(huán)境微生物的高通量測序平臺有Illumina，BGI，PacBio和Thermo Ion。其中Illumina平臺的測序讀長長、測序周期短、通量大，成為常用的測序平臺。

微基生物是國內(nèi)首家采用Illumina-MiSeq 2×300 bp平臺進(jìn)行微生物生態(tài)研究。對古細(xì)菌進(jìn)行測序分析積累了豐富的經(jīng)驗(yàn)。

Bioinfor-statistic-analysis-1

古細(xì)菌生物信息分析流程

Bioinfor-statistic analysis

結(jié)果展示：

archaea

案例分析

標(biāo)題：在污水處理活性污泥中已知的和未可培養(yǎng)的古細(xì)菌種群組成 001 研究領(lǐng)域：污水處理，活性污泥 分析物種：古細(xì)菌 高通量測序平臺：Illumina MiSeq 主要結(jié)果： （1）12中樣品中古細(xì)菌的Rarefaction curve Fig-1 （2）12個(gè)污水處理活性污泥樣本中古細(xì)菌的PCoA分析 Fig-2 （3）12個(gè)活性污泥樣品中古細(xì)菌的群落組成 Fig-3

（A）已知的古細(xì)菌屬；（B）未可培養(yǎng)的古菌

（4）污水處理活性污泥中古細(xì)菌的進(jìn)化樹 Fig-4 原文鏈接：http://link.springer.com/article/10.1007/s00248-014-0525-z 參考文獻(xiàn)： Kuroda, K., M. Hatamoto, N. Nakahara, K. Abe, M. Takahashi, N. Araki and T. Yamaguchi (2015). “Community composition of known and uncultured archaeal lineages in anaerobic or anoxic wastewater treatment sludge.” Microb Ecol 69(3): 586-596.

古細(xì)菌多樣性分析16S rRNA，首發(fā)于微基生物。

]]> http://www.jungeng.cn/microbial-diversity-metagenomics/archaebacteria/feed 0 視頻資料 http://www.jungeng.cn/technical-support/video-data http://www.jungeng.cn/technical-support/video-data#comments Sat, 18 Jul 2015 01:21:05 +0000 http://www.jungeng.cn?p=1509 本視頻主要介紹了16S rRNA在微生物多樣性中的應(yīng)用，主要內(nèi)容包括16S rRNA簡介、16S rRNA作為進(jìn)化標(biāo)尺的選擇依據(jù)、16S rRNA的V區(qū)選擇、16S rRNA多樣性檢測流程、進(jìn)化樹介紹、常用數(shù)據(jù)庫介紹。

視頻資料，首發(fā)于微基生物。

]]> 　　目前關(guān)于微生物生態(tài)學(xué)/微生態(tài)方面的研究非常熱門，對于微生態(tài)研究所用的方法，很多人都非常感興趣。作為一家專門從事微生態(tài)研究服務(wù)的公司，微基生物近期將針對大家比較關(guān)注的系列技術(shù)問題，陸續(xù)推出一系列關(guān)于微生物生態(tài)學(xué)的相關(guān)視頻，敬請大家關(guān)注。
歡迎您下載觀看，百度云盤鏈接：

16S rRNA在微生物多樣性中的應(yīng)用

基于16S rRNA基因的高通量測序分析

16s rRNA基因高通量測序的關(guān)鍵點(diǎn)-測序區(qū)域的選擇

　　微基生物科技（上海）有限公司推出的關(guān)于微生物生態(tài)學(xué)系列視頻。本視頻主要介紹了16S rRNA在微生物多樣性中的應(yīng)用，主要內(nèi)容包括16S rRNA簡介、16S rRNA作為進(jìn)化標(biāo)尺的選擇依據(jù)、16S rRNA的V區(qū)選擇、16S rRNA多樣性檢測流程、進(jìn)化樹介紹、常用數(shù)據(jù)庫介紹。

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