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微生物群落的種群多樣性一直是微生物生態(tài)學和環(huán)境學科研究的重點。群落結(jié)構(gòu)決定了生態(tài)功能的特性，群落結(jié)構(gòu)變化也是標記環(huán)境變化的重要方面。環(huán)境中存在大量的微生物：細菌、真菌、古菌、藻類等。近年來二代測序技術(shù)（Next Generation Seq …

　　Heatmap(熱圖)可以用顏色變化來反映二維矩陣或表格中的數(shù)據(jù)信息，它可以直觀地將數(shù)據(jù)值的大小以定義的顏色深淺表示出來。常根據(jù)需要將數(shù)據(jù)進行聚類，將聚類后的數(shù)據(jù)表示在heatmap 圖上，通過顏色的梯度及相似程度來反映數(shù)據(jù)的相似性和差 …

典范相關(guān)分析（canonical correlation analysis，CCoA） 典范相關(guān)分析是研究兩組變量之間相關(guān)程度的多元分析方法。典范相關(guān)分析把兩組變量的相關(guān)變?yōu)閮蓚€新變量之間的相關(guān)來進行研究，第一組變量中找出一個變量的線性組合 …

PCA分析(Principal Component Analysis) PCA 分析，即主成分分析，是一種對數(shù)據(jù)進行簡化分析的技術(shù)，這種方法可以有效的找出數(shù)據(jù)中最“主要”的元素和結(jié)構(gòu)，去除噪音和冗余，將原有的復雜數(shù)據(jù)降維，揭示隱藏在復雜數(shù)據(jù) …

偏最小二乘法判別分析(pls-da ,Partial least squares discrimination analysis) 偏最小二乘法判別分析原理： 偏最小二乘法判別分析是一種用于判別分析的多變量統(tǒng)計分析方法。判別分析是一種根據(jù)觀 …

Venn圖 Venn圖（文氏圖）可以展現(xiàn)多個樣品中所共有的OTU 數(shù)目，OTU 數(shù)目反映環(huán)境樣品的相似性及重疊情況。在圖中，如果兩個不同顏色圓圈重疊的區(qū)域標注有數(shù)字100，說明這兩個樣品均有序列被劃分入相同的OTU 中，且這樣的OTU 有1 …

水源微生物多樣性分析（microbial diversity?of water?） 基于16S rDNA基因、18S rDNA基因和ITS序列，利用NGS測序技術(shù)（454 GS FLX,Illimina HiSeq,MiSeq）來分析水源（ …