heatmap（熱圖）

　　Heatmap可以用顏色變化來(lái)反映二維矩陣或表格中的數(shù)據(jù)信息，它可以直觀地將數(shù)據(jù)值的大小以定義的顏色深淺表示出來(lái)。常根據(jù)需要將數(shù)據(jù)進(jìn)行物種或樣品間豐度相似性聚類，將聚類后數(shù)據(jù)表示在heatmap 圖上，可將高豐度和低豐度的物種分塊聚集，通過(guò)顏色梯度及相似程度來(lái)反映多個(gè)樣品在各分類水平上群落組成的相似性和差異性。結(jié)果可有彩虹色和黑紅色兩種選擇。
　　軟件及算法：R 語(yǔ)言vegan 包，vegdist 和hclust 進(jìn)行距離計(jì)算和聚類分析；距離算法：chao，聚類方法：complete。圖中顏色梯度可自定為兩種或兩種以上顏色漸變色。樣品間和物種間聚類樹(shù)枝可自定是否畫出。
參考文獻(xiàn)：
Elie Jami, Adi Israel, et al. Exploring the bovine rumen bacterial community from birth to adulthood. The ISME Journal advance online publication, 21 February 2013; doi:10.1038/ismej.2013.2

例圖：

注釋：
　　樣品間聚類關(guān)系樹(shù)： 進(jìn)化樹(shù)表示在選用成圖數(shù)據(jù)中，樣本與樣本間序列的進(jìn)化關(guān)系（差異關(guān)系）。處于同一分支內(nèi)的樣品序列進(jìn)化關(guān)系相近。
　　物種/OTU?豐度相似性樹(shù)： 豐度相似性樹(shù)表示選用成圖的數(shù)據(jù)中樣品與樣品中的OTU?或序列在豐度上的相似程度。豐度最相近的會(huì)分配到同一分支上