分級發(fā)育樹

　　NCBI 提供了已有微生物物種的分類學信息數(shù)據(jù)庫（ 數(shù)據(jù)庫文件下載地址：ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/），數(shù)據(jù)庫中包含微生物的分類學系統(tǒng)關(guān)系樹。在前述分類學分析中，已經(jīng)得到了每個OTU 的豐度和對應的分類學信息，將測序得到的物種豐度信息回歸至數(shù)據(jù)庫的分類學系統(tǒng)關(guān)系樹中，可以從整個分類系統(tǒng)上全面了解測序的環(huán)境樣品中所有微生物的進化關(guān)系和豐度差異。

　　軟件及方法：MEGAN（http://ab.inf.uni-tuebingen.de/software/megan/）。導入分析數(shù)據(jù)中樣品包含的物種及物種豐度，通過交互式搜索NCBI 的分類數(shù)據(jù)庫信息，以樹狀圖形式表現(xiàn)物種的豐度情況和群落結(jié)構(gòu)，反映微生物的組成情況，這種方法構(gòu)建的系統(tǒng)樹不同于利用序列堿基差異構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹，不能反應物種間的時間進化信息。

參考文獻：
　　Huson, DH, Mitra, S, Weber, N, Ruscheweyh, H, and Schuster, SC (2011). Integrative analysis of environmental sequences using MEGAN4. Genome Research, 21:1552-1560.

例圖：

Multi samples Taxonomy analysis tree

　　注：圖中的支點表示該處在NCBI 數(shù)據(jù)庫中有相應的Taxonomy 記錄，支點附近有該英文名稱拼寫。多個樣品同時作圖時，可在樹枝或結(jié)點處通過小型餅狀圖以不同顏色表示不同樣品的相對豐度差異。