NMDS非度量多維尺度分析

　　非度量多維尺度法是一種將多維空間的研究對象（樣本或變量）簡化到低維空間進行定位、分析和歸類，同時又保留對象間原始關(guān)系的數(shù)據(jù)分析方法。適用于無法獲得研究對象間精確的相似性或相異性數(shù)據(jù)，僅能得到他們之間等級關(guān)系數(shù)據(jù)的情形。其基本特征是將對象間的相似性或相異性數(shù)據(jù)看成點間距離的單調(diào)函數(shù)，在保持原始數(shù)據(jù)次序關(guān)系的基礎(chǔ)上，用新的相同次序的數(shù)據(jù)列替換原始數(shù)據(jù)進行度量型多維尺度分析。換句話說，當(dāng)資料不適合直接進行變量型多維尺度分析時，對其進行變量變換，再采用變量型多維尺度分析，對原始資料而言，就稱之為非度量型多維尺度分析。其特點是根據(jù)樣品中包含的物種信息，以點的形式反映在多維空間上，而對不同樣品間的差異程度，則是通過點與點間的距離體現(xiàn)的，最終獲得樣品的空間定位點圖。

軟件：Qiime 計算beta 多樣性距離矩陣，R 語言vegan 軟件包作NMDS 分析和作圖。

參考文獻：
　　A microbita signature associated with experimental food allergy promotes allergic senitization and anaphylaxis. The Journal of Allergy and Clinical Immunology.Volume 131, Issue 1 , Pages 201-212, January 2013.

例圖：

　　注：不同顏色或形狀的點代表不同環(huán)境或條件下的樣本組。