Shannon-Wiener曲線是反映樣品中微生物多樣性的指數(shù),利用各樣品的測序量在不同測序深度時的微生物多樣性指數(shù)構(gòu)建曲線,以此反映各樣本在不同測序數(shù)量時的微生物多樣性。當(dāng)曲線趨向平坦時,說明測序數(shù)據(jù)量足夠大,可以反映樣品中絕大多數(shù)的微生物信息。
軟件:使用97%相似度的OTU,利用mothur計算不同隨機(jī)抽樣下的shannon值,利用R語言工具制作曲線圖。
參考文獻(xiàn):
Yu Wang, Hua-Fang Sheng, et al. Comparison of the Levels of Bacterial Diversity in Freshwater,Intertidal Wetland, and Marine Sediments by Using Millions of Illumina Tags. Appl. Environ. Microbiol. 2012, 78(23):8264. DOI: 10.1128/AEM.01821-12.
例圖:


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